Zakonom o biljnom zdravstvu uređuje se područje zdravstvene zaštite bilja, mjere za sprječavanje unošenja i širenja štetnih organizama bilja, biljnih proizvoda i drugih predmeta kao i njihovo suzbijanje primjenom fitosanitarnih mjera.
Odredbe propisane Zakonom posebno su usmjerene na učinkovitiju zaštitu od štetnih organizama bilja koji se potencijalno mogu unijeti na područje Europske unije putem globalizacije trgovine te promjenom klimatskih uvjeta. Cilj je Zakona osigurati bolju zaštita okoliša, šuma, javnih i privatnih posjeda što će imati za posljedicu manju uporabu zaštitnih sredstava.
Novosti koje donosi konačni prijedlog Zakona o biljnom zdravstvu uključuju definiranje novih popisa štetnih organizama kao što su: karantenski štetni organizmi, prioritetni štetni organizmi, nekarantenski štetni organizmi, karantenski štetni organizmi zaštićenih područja te neregulirani karantenski štetni organizmi bilja. Fitosanitrne mjere mogu se primjenjivati i na one štetne organizme za koje se smatra da bi mogli ispunjavati uvjete za uvrštavanje na popis karantenski štetnih organizmima EU. Uvodi se obveza pružanja informacija putnicima i korisnicima poštanskih usluga koji na područje EU unose bilje, biljne proizvode i druge predmete, što po važećem zakonodavstvu nije bilo propisano. Stvaraju se zakonske osnove za nadogradnju registra specijaliziranih subjekata, a to su specijalizirani subjekti koji u EU unose ili unutar EU premještaju bilje, biljne proizvode i druge predmete, koji su ovlašteni za izdavanje biljnih putovnica, koji izdaju fitosanitarne certifikate, koji postavljaju oznake za drveni materijal za pakiranje i dr. Uvodi se jednostavnija i transparentnija dokumentacija (unificirani obrazac biljne putovnice) za specijalizirane subjekte/posjednike bilja, što će pridonijeti boljoj zaštiti kao i u mogućoj financijskoj pomoći u otkrivanju i eradikaciji štetnih organizama.
Jedna od najvećih novina je otvaranje mogućnosti specijaliziranim subjektima da samostalno pregledavaju bilje, biljne proizvode i druge predmete te za njih izdaju biljne putovnice što do sada po važećem Zakonu o biljnom zdravstvu nije bio slučaj. Obvezno je i osposobljavanje specijaliziranih subjekata kako bi stekli određena znanja za izdavanje biljnih putovnica. Osposobljavanje specijaliziranih subjekata provoditi će nadležna tijela. Nadležna tijela u provedbi Zakona su Ministarstvo poljoprivrede, Državni inspektorat (fitosanitarna i šumarska inspekcija), Hrvatska agencija za poljoprivredu i hranu i Hrvatski šumarski institut.